流感不同于普通感冒，多数患者一发病就表现为发热或高热、咳嗽、痰黏不能顺畅咳出、嗓子疼等。许多患者经过一个时期的治疗后虽然体温呈下降趋势，但咳嗽却迟迟不能痊愈。许多人还伴随着喘促气短，白天咳嗽还能忍受，到了晚上一躺下咳嗽就会加重，严重影响睡眠；还有人咳嗽时带有白色痰液或黄色黏痰，咳嗽久了，胸口都会震得发疼，好多孩子连续咳嗽都能引起呕吐。这可能是流感并发了病毒性肺炎。
中医认为，流感属于外感热病，尽管发烧已经退了，热毒影响肺的功能，就会导致咳嗽不止。
从现代医学讲，流感后持续咳嗽是肺部或上呼吸道的炎症，这种炎症一般情况下是由病毒感染引起的，多数患者抽血化验发现白细胞并不高，说明根本没有细菌感染，所以用抗生素没有治疗效果，也禁止滥用抗生素。当然有些患者也会继发细菌感染，表现为肺部的细菌性炎症，这时白细胞就会升高，只有在白细胞有确切升高时才能合用抗生素。
今年国家卫计委流感诊疗方案之一是推荐用药连花清瘟胶囊，它的主要治疗特点就是宣泄肺热，组方中的麻黄、薄荷可以发散肺部的毒邪；银花、连翘、板蓝根、贯众等可以清解热毒，杏仁、鱼腥草专门治疗咳嗽、咳痰，生石膏、大黄可以清肺泄热，整个药方组合，既能发散外邪，又能清理肺部余热。所以说，流感患者烧退了咳嗽不止，还要坚持服用连花清瘟一个阶段，清解肺内余热，直到咳嗽消除。
广州呼吸病国家重点实验室研究证实，连花清瘟可降低肺组织内炎性因子含量，减轻流感病毒引起的肺组织炎症反应。2019年1月，由王辰院士承担，卫生部北京医院、首都医科大学朝阳医院、首都医科大学宣武医院、广东省中医院等全国13家三甲医院参与的“连花清瘟颗粒治疗病毒性肺炎随机、双盲、安慰剂对照、多中心临床研究”正式揭盲。研究结果显示连花清瘟在改善病毒性肺炎患者咳嗽、咳痰、发热、胸痛、肌肉酸痛、呼吸困难、怕冷、口渴等临床症状方面显示出良疗效。
